Où en est Natura 2000 ? En France, le réseau compte 1 753 sites, 1 369 au titre de la directive Habitats et 384 pour la directive Oiseaux. Côté terrestre, la quasi totalité des sites sont désignés et leurs documents d’objectifs (Docob) ou plans de gestion sont aux trois-quarts opérationnels. Les collectivités se retrouvent souvent aux manettes pour les mettre en œuvre. « Malgré cela, le réseau pâtit encore d’une mauvaise image auprès des élus locaux », estime Maxime Paquin, chargé de mission à France Nature Environnement (FNE). Côté marin, 208 sites Natura 2000 ont été recensés. Mais l’inventaire reste à compléter et les mesures de gestion adaptées au milieu marin à inventer. A l’opposé d’un bon nombre de voisins européens, la France a choisi la voie de la contractualisation pour protéger ces sites, plutôt que la réglementation. Ainsi, un contrat Natura 2000 sur un site se traduit par la rémunération de son propriétaire ou gestionnaire, en contrepartie du service rendu à la biodiversité.
A peine s’ouvre-t-il une nouvelle phase – celle de gestion et d’animation de ces sites – que certains Docob ont besoin d’être réactualisés. Quant à l’animation, elle est portée au quotidien par de jeunes chargés de mission dont la pérennité de l’emploi est à renforcer. L’Atelier technique des espaces naturels (Aten) développe en ce sens des formations ciblées et le ministère élabore un système d’information capable de garder une trace de l’ensemble des actions engagées site par site. Autre point noir, le financement. En moyenne, l’aide est de 400 euros par hectare protégé. « Mais les fonds européens arrivent à échéance en 2014. D’ici là, l’heure est à la restriction », déplore Maxime Paquin. « On cumule aussi du retard en termes d’évaluation de l’état de conservation des sites », ajoute Vincent Augé, chargé de mission au parc national de la Vanoise. Pour accélérer la réalisation de ces suivis, le Muséum national d’histoire naturelle (MNHN) vient d’établir des protocoles et méthodes.