En vertu de cette directive, la France devait notamment mettre en place, avant le 31 décembre 2000, des systèmes de collecte et de traitement des eaux résiduaires dans les implantations urbaines de plus de 15.000 habitants situées dans des zones non sensibles. Après avoir communiqué à Bruxelles des informations montrant que de nombreuses agglomérations n’étaient pas en conformité avec la directive et que d’autres ne disposaient pas d’infrastructure adéquate, la France avait reçu une première lettre d’avertissement en juillet 2004. Le 17 octobre 2008, la Commission européenne lui adressait un avis motivé pour manquement aux obligations vis-à-vis de certaines agglomérations (au nombre de 140) soumises à l’échéance du 31 décembre 2000. Suite à quoi, la Commission avait annoncé, en novembre 2009, qu’elle allait assigner la France devant la CJUE pour non-conformité avec la législation de l’Union relative au traitement des eaux résiduaires urbaines.
La Cour relève le manquement de la France dans la collecte des eaux urbaines résiduaires de l’agglomération de Basse-Terre, ainsi que s’agissant du traitement des eaux urbaines résiduaires des agglomérations d’Ajaccio-Sanguinaires, de Basse-Terre, de Bastia-Nord, de Cayenne-Leblond et de Saint-Denis. Pour sa défense, l’Etat français se borne à rappeler concernant les agglomérations défaillantes que “ce n’est qu’au cours de l’année 2014 qu’il sera possible de s’assurer de la conformité du traitement des eaux urbaines résiduaires de ces agglomérations à l’article 4 de la directive 91/271”. Quant à l’agglomération de Basse-Terre, les autorités françaises font valoir que le système de collecte de cette agglomération est conforme depuis mai 2013. Nonobstant, pour la CJUE, à la date d’expiration du délai imparti dans l’avis motivé de la Commission, la France n’avait pas pris les mesures nécessaires à la mise en œuvre de la directive de 1991. A ce stade de la procédure, l’Etat français ne se voit pas infliger de sanctions financières mais si, après une nouvelle saisine par la Commission, la Cour de justice constate qu’il ne s’est pas conformé à son arrêt, elle peut lui infliger le paiement d’une somme forfaitaire et/ou d’une astreinte.